La Municipalidad de Guatemala está dividida en Gerencias y Direcciones. Dentro de las Gerencias podemos mencionar a: EMPAGUA, GERENCIA MUNICIPAL, EMETRA, GERENTE EMT.
EMPAGUA: es responsable de proveer y garantizar el suministro de agua potable, drenajes y alcantarillados, así como el mantenimiento y ampliación de dichos servicios en la ciudad de Guatemala y en su área de influencia urbana en el Departamento de Guatemala, en base a convenios existentes.
GERENCIA MUNICIPAL: es la encargada de coordinar todas las operaciones y en funcionamiento de las dependencias y empresas municipales entre sí, buscando que se mantenga la coherencia en su trabajo y con el Plan de Gobierno Municipal establecido para la administración 2008-2012 del Alcalde Alvaro Arzú.
Entidad Metropolitana Reguladora de Transporte y Tránsito (EMETRA): Su misión primordial es la regulación del tránsito y el transporte colectivo en las vías del Municipio de Guatemala, buscando hacer más eficiente la prestación del servicio de los distintos sistemas de transporte colectivo y la fluidez vehicular, tomando en cuenta los recursos viales, técnicos y de equipamiento que se tienen al alcance.
Empresa Municipal de Transporte (EMT): Tienen como fin prestar servicio de transporte urbano público a los vecinos y visitantes de la ciudad. Es una empresa sin fines de lucro, sino de servicio a la ciudadanía. Dentro de sus proyectos se encuentra el TRANSMETRO.
Las Direcciones que tiene a su cargo la Municipalidad son: Dirección Financiera, Dirección de Abastos, Dirección Administrativa, Dirección Medio Ambiente, Dirección Desarrollo Social, Dirección Salud y Bienestar, Dirección Policía Municipal, Dirección PM, Dirección Informática, Dirección Infraestructura, Dirección Comunicación Social, Dirección Catastro, Dirección Control de la Construcción Urbana, dentro de estas direcciones se encuentran los Bomberos Municipales que tiene una coordinación de cooperación Internacional pero de la misma manera que las Direcciones es una entidad que pertenece a la Municipalidad.